蚩尤顯然和炎帝不是一個量級的，黃帝與蚩尤的戰爭，首先是戰爭曠日持久，“黃帝攻蚩尤，三年城不下”，“凡五十二戰，而天下大服”，從戰爭次數上來說，打一個蚩尤可以付出的力量，可以打十七個炎帝了。
其次，戰爭的難度非常高，蚩尤部落雖然文化落後，但是戰鬥力強悍，更重要的是科技發達，具有高超的冶煉鑄造技術，當然至於這些技術是從哪來的，你倆也都清楚，正是當年十二祖巫留下的。
“蚩尤受盧山之金而作無兵”。蚩尤的戰鬥力非常恐怖，在諸侯混戰時期，他曾經讓各路諸侯聞風喪膽，被譽為“兵神”，後來蚩尤死後，天下複亂，黃帝令人畫蚩尤畫像震懾八萬，結果“萬邦皆弭服”。
所以，黃帝和蚩尤的涿鹿之戰，最後雖然贏了，但也僅僅是險勝而已。我們現在不知道戰爭的具體經過，我們知道的隻是江湖留下的傳說。
蚩尤有兄弟八十一人，他們都是十二祖巫當年基因實驗的產物，雖然沒有蚩尤一般強大，但也是有著碾壓普通神裔的能力。
黃帝這邊雖說神裔不少，和蚩尤的兄弟們還能勉強作戰，但麵對早已超越神額蚩尤還是顯得捉襟見肘。蚩尤不僅自身強悍，還利用十二祖巫遺留下的技術，對士兵進行了人體實驗，帶領的士兵都是銅頭鐵額，手持刀戟弓弩，威震天下。
又有風伯雨師相助，風雨驟至，大霧迷途，使黃帝的士兵寸步難行。黃帝得玄女相助，授兵信神符，製指南車，使應龍蓄水，使女魃止雨，這才能順利的進軍。
又使玄女作防牛鼓八十麵，曆經大小數十戰，血流漂杵，黃帝的部隊規模雖然比蚩尤的龐大，但奈何都是些神裔和人類混編的雜牌軍，麵對蚩尤的超級士兵根本不是對手，隻能用數量優勢勉強抗衡。
但這人不是說死就能死的起的，黃帝是不著急，但天上看著的神族可就著急了，你想神族好不容易用大把時間培育出了能與自己繁衍的品種，又悉心嗬護他們茁長成長，這才剛剛少見起色，怎麼可能讓人類就此滅族呢？
情急之下，神王昊天組織了一直由神將組成的‘特種部隊’派下凡去對蚩尤進行斬首行動，與蚩尤戰與涿鹿，蚩尤的兄弟們打神裔還行，碰到真神那就像是耗子見了貓了，隻有跑的份。
一時間戰況逆轉，蚩尤軍節節敗退，最終，黃帝神裔部隊，與離恨天的神將校隊保衛了蚩尤，雖說包圍，卻也拿他沒有辦法，這家夥刀劈不進水火不侵！
不僅沒被生擒，反而還反殺了幾員神將！無奈之下三眼神將與之廝殺一處，好在三眼神將練就九轉玄功，雖不能敵，但蚩尤也不能將其傷害分毫。
要知道，那時的人命之前，神將的命就更不用說了，無奈之下，神王昊天親自出手，使得天譴將其擊暈，祭九龍神火罩將其化為灰飛，“殺之於中冀”。蚩尤部落自此滅亡，老蚩尤被殺，新任的蚩尤成了黃帝的臣子，為黃帝主兵，後來還擔任了黃帝儀仗隊成員,而同樣擔任儀仗隊成員的還有曾經幫助蚩尤的風伯雨師：
師曠曰：“昔者黃帝合鬼神於泰山之上，駕象車而六蛟龍，畢方並轄，蚩尤居前，風伯進掃，雨師灑道……”《韓非子·十過》
泰山本來是蚩尤的地盤，結果蚩尤戰敗後就成了黃帝的地盤，而蚩尤占據的少昊地盤，也還給了一個叫“少昊清”的少昊後裔。
蚩尤部落從此消亡，其眾一分為三，一部分歸順了黃帝，一部分被黃帝強製遷徙：
遷其民善者於鄒屠之地……惡者於有北。《古今姓氏書辯證》
據說，現在的鄒姓和屠姓就是蚩尤的後裔。還有一部分九黎族的人，不願意臣服於黃帝，於是向南遷入江淮荊楚地區，和當地的土著雜居相處，他們就是後來三苗族的祖先，也就是所謂的“南蠻”。”