最高指揮權則在皇帝手中。
五軍都督府不能擅自調動軍隊，除非有兵部的調兵令。
在戰事發生時，由兵部秉承皇帝旨意任命將官，將官調集中央軍和地方軍去作戰。
五軍都督府在大隋全國各地設了二十幾個軍鎮，由中央軍駐守。
像是守備將軍府的府兵和廂軍都是地方軍。
兩者都是歸五軍都督府來管。
包括都指揮使司他們都是五軍都督府來管。
但是自從文官越來越強勢後，越來越多的文官掌控朝廷，滲透兵部後，便壓製武官，大隋在地方上的軍鎮被陸續裁撤，五軍都督府的權力也大幅削減，幾乎名存實亡。
像是都指揮使司衙門以前都是歸五軍都督府管轄的，現在卻被兵部管著。
像是江城之前補了副千戶的缺，也是走兵部申報，而不是走五軍都督府。
畢竟五軍都督府掌兵籍，按理是要向五軍都督府申報的。
可是現在卻走兵部。
皆是因為五軍都督府幾乎名存實亡了。
如今除了北方九邊的九個軍鎮沒有裁撤外，其他事軍鎮都被陸陸續續的裁撤。
因為北方始終是中原王朝的心腹大患，那些文官也心知肚明，他們敢裁撤其他軍鎮，卻也不敢裁撤北方的九個軍鎮，不敢動刀子。
北方的九個軍鎮便是由大名鼎鼎的北摧軍駐守。
如今南方便隻有歸寧一個軍鎮了。
歸寧在江南，最高長官便是都督僉事，正二品。