第1364章
崇禎六年三月初，明軍終於修繕好了被孔部所遺棄的原登萊水師的損毀船隻，並於三月初五抵達旅順灣，由於黃龍部一直監視着叛軍行動，因此在黃龍部的指點下，明軍水師決定先消滅雙島灣一線的毛承祿部----這主要是因為毛部人少，且很有可能隨時隨地就投虜了。
三月初七，明軍水師首先與毛承祿布置在宗島（海貓島）的曾祿部展開戰鬥，並擊沉了叛軍小船13隻，生擒了叛將方勝等17人，迫使得到情報的毛部繼續北逃，明軍隨後一路追擊，最終在墳門島（鳳鳴島）以西洋麵上追上毛部，一場大戰後，毛承祿及家屬、偽副將、偽參將等眾多叛軍被生擒，其等所搭乘的大船8隻並小船若干也被明軍繳獲了。
毛承祿被消滅后，明軍舟師立刻返回旅順補給，隨即向東攻擊停泊在三山島的孔部叛軍，孔部見大明舟師席捲而來，匆忙逃竄，結果滯留在三山島上的參將高成功等20餘名叛軍因為來不及逃跑，不得不成了明軍的俘虜。
三月二十四日，緊追不捨的明軍舟師在葫蘆島以西洋麵與叛軍發生大戰，並在東江鎮后營都司尚可喜的支援下，成功消滅了叛軍2艘大船及10艘小船，並俘獲了另外3艘小船及“叛人首惡”之一的陳光福（打開登州城門的叛軍內應）以下偽旗鼓、偽都司、偽守備、偽指揮等147名叛軍官兵。
三月二十九日，明軍再敗叛軍於大小王家島以東洋麵，擒獲偽副將蘇有功以下20餘名叛軍軍官及叛軍士兵一批，並同時擊沉叛軍大船1隻、小船11隻。
只是孔有德部雖然屢戰屢敗，但始終有來自東江鎮的毛文龍舊部受孔部的金錢誘惑，攜帶糧食船隻投靠孔有德，這才使其部能在明軍的進剿下得以苟延殘喘，繼續頑抗。
四月初五，明軍於鴨綠江口卓山一帶附近再次擊敗孔有德部，此戰中，明軍生擒叛軍都司高顯陽以下36人，俘獲小船3隻，並打沉了裝載有孔有德家眷的船隻，迫使孔有德部不得不丟下大宗軍械物資后棄船登陸，從而徹底截斷了東江鎮中人投靠孔部的通道，自此，孔部開始陷入了外援斷絕的窘境。
趁你病要你命，明軍自然不會縱容孔部重新找尋外援的，所以便聯合朝鮮軍隊，於當年四月十一日，在千家莊一線對孔有德叛軍展開打擊，“傷賊無算，賊營大慟”。
當然，“傷賊無算”比較誇張，實際與事實明顯不符，但“賊營大慟”卻是真的，畢竟，此時孔部已經窮途末路了，所以上上下下都對前途感到了悲觀。
而孔有德所有的野心自此也煙消雲散了，於是，孔有德便派人致信明軍舟師統帥周文郁請降，在信中，孔有德聲稱願意“修築南關、恢復金州”來贖罪，但由於孔有德之前詐降過多次，已經徹底失去了信譽，因此周文郁不為所動，只是用炮擊作為回應。
在這種情況下，已經走投無路的孔有德，只能以“總提兵大元帥”的名義，向後金請降。
雖然明知道孔有德在請降信中提及的“本帥現有甲兵數萬、輕舟百餘、大炮火器具全”的說法不實，但阿巴海還是欣喜若狂，便立刻率兵前來接應，就這樣，在後金重兵的保衛下，孔有德於崇禎六年四月十五日，正式投敵了。