孫傳庭答道：“臣以為昔日南京六部中唯有南京兵部擁有實權，其餘各部具是閑曹，或可以不設！”
馬士英搖頭道：“不妥，昔日南京兵部之所以為重鎮，實有指揮南方兵權之事權，如今，依陛下旨意，軍政與軍令分開，再設留都兵部也是閑曹！”
張國維建議道：“眼下財政為重，或可以置留都戶部！”
孫傳庭反對道：“若以北京為留都，則設戶部並不妥當！”
朱由崧沉思起來，若北京只是留都的話，那麼是不是可以設置北京行大都督府來指揮北地駐軍呢？
不過，這一想法很快被朱由崧自己給打消了！
是的，別說朱由崧不肯放手讓北京行參軍司來指揮北地十多萬軍隊，就是朱由崧肯，文官集團也會產生擔心的，至於讓太子去北地監國也不妥當，搞不好就會出現父子相殘的局面，且未來若干年後，當政皇帝沒有太子怎麼辦？
朱由崧還在想着，馬士英言道：“臣以為，或可以昔日南京體制，設留都兵部、留都留守司及留都鎮守內臣······”
馬士英說完后，朱由崧輕咳了一聲：“朕用排除法來確定，首先留都不必置翰林院、詹事府、中書科、行人司、太常寺、鴻臚寺、欽天監！”
幾名大臣小臣品砸了一下，同意道：“陛下說的是，這些部門不用置於留都！”